新建巴彦淖尔站总建筑面积为7998.6平方米，建成后可容纳1200名旅客同时候车。站房外形为“几”字弯造型，以“临石刻影、傲河长风”理念，融合了阴山岩画中的代表图案，寓意河套平原“几”字弯区域悠久的历史文化。
站房主体结构采用钢筋混凝土框架结构，屋面采用球形钢网架结构。站场采用线侧平式站型，规模5台、12线。
负责施工的中铁六局包银高铁项目部副经理王海中介绍，新建巴彦淖尔站位于河套平原腹地，地表水位高、细砂地层复杂，为确保施工安全顺利，施工中着重对地下施工部分实行不间断降水并同步进行混凝土喷锚防护，有效确保了施工安全可靠。
同时，施工期间全程采取网格化流水作业，利用无人机、BIM工况模拟等多项前沿技术手段，为确保施工进度和质量提供了可靠技术支撑。
包银高铁是我国“八纵八横”高速铁路网京兰通道的重要组成部分，设计时速250公里。包银高铁全线建成后，将充分满足内蒙古、宁夏等地的旅客出行需求，对完善国家高速铁路网布局，优化京兰通道综合运输体系具有重要意义。
